Bag museet ligger Mathilde Fibigers Have. Den er opkaldt efter Mathilde Fibiger (1830-1872), som beskæftigede sig med ulighed mellem kønnene og kvinders begrænsede muligheder for uddannelse, udvikling og uafhængighed. I dag betragtes hun som Danmarks første ligestillingsforkæmper. Mathilde Fibigers gravsten findes også i haven, som en påmindelse om hendes vigtige rolle i ligestillingskampen.
I 1850 skrev 20-årige Mathilde Fibiger bogen Clara Raphael: Tolv breve. Bogen vakte heftig debat i hele landet, da den satte spørgsmålstegn ved, at kvinderne var underlagt mændene. I bogen fremhæver hun, at kvinder kan tænke selv, og at de ikke kun er noget i kraft af en ægtefælle. Mathilde Fibiger var forud for sin tid, og med sin bog startede hun kønsrolledebatten i Danmark.
I sommerhalvåret bruges haven af KØN Café til udeservering.